​De scholen van Agora werken vanuit een gemeenschappelijke missie en visie die voor gehele stichting is geformuleerd.
Toch zijn de scholen van Agora niet allemaal hetzelfde. Vanuit de missie en visie van Agora leiden zij een eigen missie, visie en onderwijskundig profiel af.

Agora heeft scholen voor Jenaplan, Ontwikkelingsgericht onderwijs, scholen die werken met leerstof jaarklassensysteem en scholen die op een niet conceptuele basis onderwijs hebben vormgegeven. Op hun websites presenteren zij zich.