Het bestuur wordt gevormd door het College  van Bestuur en bestaat uit een voorzitter en twee leden. Zij geven dagelijks leiding aan het totaal van de organisatie en zijn verantwoordelijk voor de resultaten op het onderwijskundige, het personele en het materiële gebied.

Het College van Bestuur vertegenwoordigt Agora in de overleggen met de overheden, regionale en landelijke partners en is gesprekspartner van de Gemeenschappelijke Medezeggenschapsraad. Daarnaast ontwikkelt het college het strategisch beleid van de organisatie en legt hierover verantwoording af aan de Raad van Toezicht.

Het Centraal Bureau biedt ondersteuning aan het College van Bestuur en aan de scholen van Agora.